Durante las últimas décadas, el sector cooperativo ha operado de forma más bien autónoma y con una baja prioridad por parte del Estado (Ministerio de Economía, 2014). Luego de 10 años de tramitación, en 2003 se promulgó al actual Ley General de Cooperativas, que regula el funcionamiento de las cooperativas en distintos rubros, entre ellas las cooperativas abiertas y cerradas de vivienda. Actualmente, las cooperativas son atendidas por la División de Asociatividad del Ministerio de Economía, Fomento y Turismo.
Respecto a las cooperativas de vivienda, a lo largo del periodo solo algunas cooperativas abiertas mantuvieron su funcionamiento, pero se fueron reduciendo progresivamente. Un caso emblemático en este sentido es la desaparición de Habitacoop, cooperativa declarada en quiebra en 2001. Actualmente existen solamente tres cooperativas abiertas activas, todas ellas surgidas en la década de los 70’: i) la Constructora Nacional de Vivienda Cooperativas Limitada (CONAVICOOP), ii) la Cooperativa Abierta de Vivienda Provicoop (PROVICOOP), que trabaja en conjunto con la Fundación Invica; y iii) la Cooperativa Abierta de Vivienda IX Región Malleco y Cautín Vimacaucoop Limitada (VIMACAUCOOP). CONAVICOOP y PROVICOOP, ambas de alcance nacional entregan entre mil y 2 mil viviendas anuales cada una, enfocándose principalmente en segmentos medios a través del DS01 (y también el DS19 en menor medida) y priorizando la construcción de casas por sobre los departamentos.
Respecto a las cooperativas cerradas, en 2017 se abrió una nueva ventana hacia el avance de la autogestión, cuando el MINVU abrió un llamado a iniciativas piloto en que Cooperativas Cerradas de Vivienda puedan recibir (y construir con) subsidios de vivienda social (D.S.49), pudiendo las cooperativas actuar en el rol de entidades patrocinantes, y así tener mucho más control sobre el proceso de diseño y gestión de los conjuntos habitacionales. De esta iniciativa piloto surgieron los proyectos de Ñuke Mapu y Paihuén, que se encuentran en desarrollo actualmente.